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三、用户账号安全等级设定
由于在Linux上不同的账号可以被赋予不同的权限，所以用户账号也具有相应的安全等级，因此在建立新用户ID时，系统管理员则应根据需要赋予该账号不同的权限，并且归并到不同的用户组中。
在Linux系统中的部分文件中，可设定允许上机及不允许上机的用户名单。其中，允许上机名单在/etc/hosts.allow中设置，而不允许上机名单则在/etc/hosts.deny中设置。此外，Linux将自动把允许进入或不允许进入的结果记录到/var/log/secure文件中，系统管理员可以此为根据查出可疑的进入记录。
每个账号ID都应有相应的专人负责。在企业，若是负责某个账户职员离职了，管理员则应立即从系统中删除相应ID。因为许多入侵事件都是通过借用了那些很久不用的账号。
当然，用户ID中，黑客最喜欢拥有root权限的ID，因为超级用户有权修改、删除各种系统设置，可毛无障碍的对系统进行操作。因而，在给任何ID赋予root权限前，都需慎重考虑。

四、系统登录用户权限
所以用户都需要登录才能进入Linux系统，因而，用户必须输入用户的账号密码，并通过系统验证后才能进入系统。
与Unix系统一样，Linux通常都将密码加密之后，存放于/etc/passwd文件中。Linux系统用户均可读/etc/passwd文件，虽然存放密码文件已经通过加密保持，可同样不太安全。因为普通用户可通过现成密码破译工具，以穷举法猜测出密码。相对安全的方法就是密码文件进行影子文件/etc/shadow舍得，只允许一定权限用户可读该文件。
Linux系统若是要采用影子文件，则须将所有公用程序进行重新编译，才能支持影子文件。而这方法相对麻烦些，还可以通过比较简便的方法是采用插入式验证模块(PAM)。多数Linux系统都带有Linux的工具程序PAM，它是一种身份验证机制，可动态的改变身份验证的方式和要求，而而不需要对其他公用程序进行重新编译。这是因为PAM采用封闭包的方式，将所有与身份验证有关的逻辑全部隐藏在模块内，因此它是采用影子档案的最佳帮手。
除此之外，PAM还仅有许多安全功能：它可以将传统的DES加密方法改写为其他功能更强的加密方法，以确保用户密码不会轻易地遭人破译;它可以设定每个用户使用电脑资源的上限;它甚至可以设定用户的上机时间和地点。
Linux系统管理人员仅需花几小时去安装与配置PAM，就可以很大程度上提高Linux系统的安全性，有效的把许多攻击阻挡在系统之外。